体を構成する各種器官の大部分は相互に関連し、互いに影響を及ぼしつつ進化してきたので、個別器官だけを取り出してその進化の過程を独立に扱っても進化の全体像を描くことは難しい。しかし、影響しあった総ての器官の全体的な進化の過程を追うことはさらに困難である。この章では主に棲息環境の変化に伴う個別器官の表現型の変遷に注目する。